Das Modul Apache2::Reload (oder Apache::Reload für modperl1) macht genau das, was du möchtest: Module in einem modperl-Prozess nachladen, falls sie sich geändert haben. Das funktioniert allerdings zu 95%. Es gibt Fälle, wo das Nachladen nicht richtig funktioniert, z.B. beim Erweitern von EXPORT-Listen.