Versuche doch mal, eine Formatierungsangabe bei der Serialisierung mitzugeben, also zum Beispiel statt .

edit: Wenn das nicht hilft oder Deinen ästhetischen Ansprüchen nicht genügt, musst Du wohl Textknoten, die einen Zeilenumbruch und Leerzeichen für die Einrückung enthalten hinter jeden Elementknoten in den Dokumentbaum einfügen, oder selbst eine Ausgaberoutine basteln, die den Dokumentbaum durchläuft und in der Formatierung ausgibt, die Du haben möchtest.

Es ist halt so, dass zwei XML-Dateien mit und ohne zusätzlichen Whitespace nicht im strengen Sinne identisch sind, weshalb die Serialisierungsroutine einer guten XML-Bibliothek nicht standardmäßig irgendwelche Leerzeichen einfügt, und sei es nur zur Einrückung.