Solange du keine Windows-Spezialitaeten nutzt und die Module, die du im cygwin hast auch auf dem Linux-System vorhanden sind, sollte es da eigentlich keine groesseren Probleme geben.
Vor allem, du kompilierst unter Perl ja nix, Perl is ne Interpretersprache. Ausgenommen vielleicht PAR, aber das gibt dir dann ne EXE-File und mit der kannst du unter Linux nix anfangen.