Das Tunen von Datenbanken is eigentlich schon ne Wissenschaft.
Prinzipiell sind besonders der RAM und das I/O-System wichtig. Da Datenbanken auch sehr viel auf der Platte arbeiten sind gute Raidcontroller und entsprechend flotte Platten eigentlich Pflicht.
Wenn du mal testen willst, wie viel dein Server so verkraftet, dann schau doch mal nach einem Benchmark für Mysql.