also hast du zwei for-schleifen in deinem skript?

du hast ja eine moegliche loesung schon genannt:
du kannst z.b. die strings aus datei2 als keys in einen hash packen.
dann reduziert sich die abfrage auf einen hashzugriff.

Quote

%strings_aus_datei_2 = build_hash ("datei2");
foreach my $string (aus "datei1") {
if (defined $strings_aus_datei_2{$string}) {
do_stuff ();
}
}