sub   fill_table{ # die runden Klammern weg, weil das Prototyping ist!
  my ($datei,$src_path,$delimiter,$header) = @_;
  
  open (IFILE, "< $src_path$datei") or die "can't open $src_path$datei: $!\n"; # in $0 steht der Skriptname
    my $z = 0;
    while(my $BomLine = <IFILE>){
         $z++;
         my @Bom = split(/\Q$delimiter/, $BomLine); # benutz das \Q!!!         
         for (0..(scalar(@Bom) -1)){
            $arrayVar->{$z.','.($_ + 1)} = $Bom[$_];
         }
    }
    close IFILE; # Filehandle schließen - das hast Du komplett vergessen!
}

my $delim = '|';
my $file = 'test.txt';
my $path = '/path/';
my $head = 'irgendwas';

fill_table($file,$path,$delim,$head);