Eine Lösung könnte sein, auf den BEGIN-Block des Moduls zu verzichten und alles was darin passiert entweder in den Konstruktor des Moduls oder in eine (private) Init-Routine des Moduls zu packen oder aber den ganzen Kram im Header des Moduls (also im Sinne von Klassen-Daten) erledigen zu lassen.

Das Modul selbst kannst Du dann auch per 'require' einbinden.

Wenn allerdings die Initialisierung der von Dir genannten Hashes allein deshalb so viel Zeit benötigt weil die einzulesende Datenmenge sehr groß ist, dann hast Du kaum eine Chance die Wartezeit zu verkürzen (es sei denn Du läßt diese Initialisierung im Hintergrund ablaufen; das kann aber auch nur dann etwas bringen wenn die zu initialisierenden Daten nicht 'sofort' vom Hauptprogramm benötigt werden).