Wenn ich schon mal eine perl2exe Datei verwende/erstelle, dann mache ich das immer so, dass eine config.pl (mit reinem Perl-Code) daneben existent ist.
Im Rahmen dieser Config-Datei werden dann u.a. die Pfade für eventuelle FlatFile-Dateien und einzubindende Module, automatisch ermittelt.
Innerhalb der perl2exe Datei ist die config.pl per require eingebunden.