Durch Verwenden der Listenform von system() gibt du den Aufruf direkt an exec() des Betriebssystems weiter, ohne dass die Zeile nochmals auf Shell-Metazeichen geparst wird. Bei der Stringform werden alle Vorkommen von *, ", <, >, & etc. durch /bin/sh geparst und behandelt.

Wenn du die Listenform brauchst und trotzdem komfortabel Umleitungen etc. machen willst, solltest du dir IPC::Run angucken (erhaeltlich auf dem CPAN).