Eigentlich sollte es reichen, große Arrays auf undef zu setzen,um den Inhalt loszuwerden (falls es nicht noch andere Referenzen darauf gibt). Die Frage ist nur, wann die Garbage Collection diesen einsammelt und freigibt.

Ist Dein Problem denn wirklich ein Speicherproblem? Bitte doch den Tester, bei dem das Problem auftritt, seinen freien Speicher im Auge zu behalten, während der Test läuft.