Weitere Idee:
Man könnte jede Webanwendungen so kapseln, dass man die notwendigen Parameter komplett in einer Apache-Conf beschreibt, die man dann in /etc/apache/conf.d legt. Typischerweise reichen einige Alias-, ScriptAlias- und Location-Anweisungen aus. Diese Conf-Datei könnte man original mit Platzhaltern versehen und die echten Pfade während der Installation eintragen (ich verwende meistens TT2 dafür). Das hätte den Vorteil, dass man die Dateien überall hin installieren kann, oder nirgendwo, oder die Standard-Installationspfade von Perl verwendet.