Also ich bin blutiger Anfänger.
Ich will versuchen die Sequenz in Codons zu trennen. Also aca cag usw.

$sequenz= "acacagagatcgctagatcgatcgatcgat";

@geteilt= split (/(\w{3})/, $sequenz);

$a= 1;
foreach (@geteilt)
{ if ($a < @teil+1) {$a +=2}
}

print $geteilt[$a]." ";

Aber irgendwie kommt bei mir nur das 1. Codon und das war's dann.
Muss ich da noch ne Schleife einbauen??? Und wenn ja, wo???