Ich drücke mich irgendwie schlecht aus, da ich nicht "vom Fach" bin,

das ganze ist eigentlich keine Animation denke ich, sondern ein statisches dreidimensionales Gitter, also etwa ein Koordinatensystem, dessen Punke "ich Fragen kann" auf welchen Atomen sie gerade liegen.

Mir wäre schon geholfen wenn ich nur den (einfachen?) Algorithmus für ein 3D-Gitter hätte, um auszuprobieren ob mein Programm mir das anzeigt.
Oder gibt es da irgendein Modul das das macht?