Einfacher,
ich habe pdb-files (Moleküle aus Protein Data Bank, also Textform), und möchte da ein Perl Programm anhängen, so dass mir das Visualisierungs Programm (VMD) nicht nur mein Molekül, sondern mein Molekül in einem Raster anzeigt.

Damit möchte ich die H-Brückenbindungsenergie für die unter den jeweiligen Rasterpunkten liegenden Atomen berechnen, wobei die Rasterpunkte Sauerstoff-Atome darstellen sollen.

Der Sinn dabei ist, günstige Positionen für Wassermoleküle vorhersagen zu können.

Also mein Ziel ist ein Perl-algorithmus für ein 3D-Raster, in den ich dann die entsprechenden Energien zur Berechnung der H-Brückenbindungsenergie einsetzen kann.