Opened by ASDS at 2007-05-29 15:58
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2007-01-29
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Hallo ihr,
wiedermal ich.... das Dummerl,
ich hab folgenden CODE:
sprich ich hab mir meine Human Sequenzen aus der DB rausgeholt und geplastet gegen Swissprot....
die Ergebnisse möchte ich nun abspeichern und mir bestimmte Daten Auslesen und in ein HTML File spielen...
Aja ich möchte nicht ich muss .... leider...
jetzt is die Frage, BioPerl dürfen wir verwenden, hätte aber nicht die richtigen Module gefunden die ich anwenden könnte um z.B Name Sequenz 1 , name sequenz 2, E- Value und und und rauszufischen und dann als HTML abzuspeichern. Gibts da nen Hinweis dazu von eurer Seite?\n\n
<!--EDIT|ASDS|1180439956-->
wiedermal ich.... das Dummerl,
ich hab folgenden CODE:
Code: (dl
)
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open (SEQUENZ, "pdaa_human.fasta")or die "Die Datei kann nicht geöffnet werden!";
my $Sequenz = ();
while ($line = <SEQUENZ>)
{
chomp($line);
if ($line =~ /^(>\w*)\|(\w+HUMAN)/)
{
if (defined $Sequence[1]) {
system ( blastall -p blastp -d uniprot_swissprot -i pdbaa_human.fasta -o seqme.blastp);
}
#neue Sequenz merken
$Sequence[0] = $2;
}
else {
$Sequence[1] .= $line; #sequenz weiter einlesen
}
}
if (defined $Sequence[1]) {
&printSeq(@Sequence);
}
close SEQUENZ;
sprich ich hab mir meine Human Sequenzen aus der DB rausgeholt und geplastet gegen Swissprot....
die Ergebnisse möchte ich nun abspeichern und mir bestimmte Daten Auslesen und in ein HTML File spielen...
Aja ich möchte nicht ich muss .... leider...
jetzt is die Frage, BioPerl dürfen wir verwenden, hätte aber nicht die richtigen Module gefunden die ich anwenden könnte um z.B Name Sequenz 1 , name sequenz 2, E- Value und und und rauszufischen und dann als HTML abzuspeichern. Gibts da nen Hinweis dazu von eurer Seite?\n\n
<!--EDIT|ASDS|1180439956-->