Was Du da realisieren möchtest nennt man bei Datenbanken auch eine relationale Join-Operation. Ich denke daher, dass es sich lohnen würde, die Daten in eine SQL-Datenbank zu übertragen und über die DBI-Schnittstelle mit SQL-Befehlen darauf zuzugreifen.

Wenn kein Datenbankserver zur Verfügung steht und / oder kein Zugriff von mehreren Rechnern auf die Datensätze nötig ist, würde ich eine Dateidatenbank wie SQLite (Perlanbindung: DBD::SQLite) empfehlen.

Falls die Datenmenge sehr klein ist und die Operation nur einmalig durchgeführt werden muss, könnte man, statt eine echte Datenbank einzusetzen, vielleicht auf DBD::CSV zurückgreifen, um die CSV-Dateien mittels SQL anzusprechen.

edit: Nur der Vollständigkeit halber: Der SQL-Befehl, den man hier bräuchte, sähe etwa so aus
SELECT * FROM Table0 LEFT OUTER JOIN Table1 ON Table0.column0 = Table1.column1;.\n\n

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