am besten ist die ausfuehrung in der shell, also ueber ssh oder telnet.
Du kannst das Script aber auch aus einem cgi-script heraus wie jedes andere kommando ausfuehren, also pipe-open, backticks, system, ...

Eine allgemeine Erklaerung zu den Parametern bekommst du, wenn du in der shell eingibst:
perl -h

Vielleicht willst du dir auch mal den Vortrag durchlesen, den ich auf dem letzten Perl-Workshop gehalten habe: Perl in der Shell