Bei mir tritt das Problem auch auf, die Fehlerursache lässt sich nicht richtig lokalisieren; kommentiere ich $EnumWindows->Call( $EnumWindowsProc, 0 ); aus, läufts, lass ich es drin und kommentiere den Inhalt der sub aus, stürzt es ab. Also allein schon das hier stürzt ab:
my $EnumWindowsProc = Win32::API::Callback->new( sub { 1; }, "NN", "N" );
$EnumWindows->Call( $EnumWindowsProc, 0 );