es wäre schön, wenn Du sagen würdest, was (welcher Teil) geht und was nicht...

Aber was mir auffällt:
Du machst vieles in einer foreach-Schleife,
benutzt eine Variable, die Du in der foreach-Schleife belegst, erst später...

z.B.

Du machst $zip = new Archive::Zip($file);

und willst dann mit MemberRead eine Datei aus dem zip-File lesen. $zip gilt jetzt aber nur für den letzten Dateinamen aus @file.

Ich nehme jetzt mal an (ohne den genauen Fehler zu kennnen), dass Du einfach die zwei foreach-Schleifen in einander schachteln musst!