Also ich habe das (soweit ich mich erinnere, habe meinen PC nicht hier) so gemacht:

1. Apache-Webserver in das Verzeichnis c:\Apache2 installiert (bzw. er war schon installiert)
2. HTML Root Dir = das Vedrzeichnis, da in der httpd-Konfiguration des Apache-Webservers als htdocs eingetragen ist. Voreinstellung ist (bei mir) C:\Apache2\htdocs
3. HTML Startup File = index.html
4. CGI Root Dir = das Verzeichnis, welches du für deine CGI-Skripten benutzt. Das ist i.d.R. C:\Apache2\cgi-bin

Der Installatioinspfad des Webservers kann natürlich abweichen.
Auch zu beachten ist, dass man mehr als einen Ort für CGI-Skripten haben kann.
Das musst du dann Projektspezifisch immer als neue 'Run-Conig' anlegen.
Ich habe z.B. eine allgemeine Konfiguration für das C.\Apache2\cgi-bin - Verzeichnis und eine andere, für mein C:\Apache\htdocs\twiki\cgi-bin - Verzeichnis, weil das Twiki damals unbedingt in meine htdocs wollte :-)

Jetzt musst du das nurnoch ausprobieren. Und wie gesagt, so genau kann ich dir das jetzt nicht sagen, weil meine Arbeitsmaschine nicht hier ist.

Grüße, pktm