grep liefert eine Liste, deren Elemente der Bedingung in dem Block entsprechen.

readdir liefert diese Liste, die von grep verarbeitet wird.

$_ enthält immer das aktuelle Element aus dieser Liste.

!~ ist die Negation von =~. Man könnte es also auch so schreiben:

Ich hoffe, dass es dadurch klarer wird.

Der reguläre Ausdruck selbst ist:
Ein Punkt und dann noch ein Punkt oder kein Punkt
also trifft der reguläre Ausdruck auf
.
und
..
zu

Aber ein Fehler habe ich dennoch eingebaut. Richtigerweise müsste der RegEx so heißen:

Lesenswertes zu RegEx:
perlre
perlreref (deutsch)
perlrequick
perlretut

http://www.regenechsen.de