du könntest, wenn du perl2exe o.ä. nutzt um eine exe zu produzieren, auch -gui als option verwenden (hieß imho so, für tk-programme gedacht, ohne konsolenfenster dann).

ansonsten denke ich, pqs lösung mit einem fork (oder eben mit Proc::Background, systemunabhängiger) sollte helfen, dann wär's aber auch nicht im systray.