Möchtest Du denn der Batchdatei, die die beiden Perlskripte aufruft, auch Parameter mitgeben können (die diese dann an die Perlskripte weitergibt)?

Du schriebst bash-Skript, ist es für die bash unter Linux? Wenn ja, kannst Du auch da recht schön Parameter verwalten, der Befehl dafür hieß glaub ich auch getopt, ein Beispiel müsste ich aber erst von zu Hause mitbringen...

Alternativ nimm statt der Batchdatei ein drittes Perlskript, das die Parameter wiederum mit getopt verarbeitet und im wesentlichen nur die beiden anderen Skripte per system o.ä. aufruft.