Die Erklärung ist einfach. Wenn man unter Windows editiert, sieht die Shebang-Zeile so aus:

Linux/Unix wertet die Zeichenkette zwischen #! und \n aus, um den zu ausführenden Befehl zu erhalten: . Dieser Befehl wird ausgeführt - geht natürlich nicht, existiert ja auch nicht (aber der interessierte Benutzer kann ja eine Kopie von "perl" als "perl\r" anlegen, dann sollte es funktionieren). Die einfachste Lösung: irgendeine Option an den perl-Pfad anhängen, z.B. -w. Dann kriegt das Betriebssystem /usr/bin/perl mit, der Rest wird an Perl übergeben, und Perl scheint kein Problem mit \r zu haben.