Aber das Java-Programm lässt sich von der Kommandozeile starten? Vielleicht hast du Environment-Variablen definiert (JAVA_HOME, CLASSPATH, PATH), die beim Ausführen als CGI anders gesetzt sind? Hast du beim Backtick-Aufruf einen relativen oder absoluten Pfad verwendet?

Java ist gerne speicherhungrig --- ich hatte heute einen Fall, wo ein Java-Programm mit Out of memory gestorben ist. Beim nachschauen mit strace habe ich festgestellt, dass das Programm 1,2 GB RAM (!) reservieren wollte. Dummerweise war mein hartes Limit auf 1,1 GB eingestellt. Als root (ohne Limits) hat es funktioniert (bzw. ein anderer Fehler ist aufgetreten).

Vielleicht hat der CGI-User niedrigere Limits als du?