Ich würde es folgendermaßen machen:

Lies alles aus der ersten Datei (aus der die Sätze gelöscht werden sollen) in ein Hash (am besten mit Tie::IxHash arbeiten) ein. Danach durch die zweite Datei gehen und überprüfen, ob zu dem Satz schon ein Eintrag im Hash existiert. Wenn ja, dann mit delete siehe perldoc -f delete) den Satz aus dem Hash löschen.

Danach kannst Du mit keys alle Sätze, die nicht in der zweiten Datei stehen bekommen...