Opened by paidopoieo at 2006-06-14 21:35
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hallo,
Ich bekomme folgende Fehlermeldung beim parsen eines kleinen xml files mit XML::Simple
nachdem ich jede menge gegoogelt habe, und alles gemacht habe, was die gesat haben, wie z.b expat parser installieren, und xml::dom, xml::generator updaten...bekomm ich noch immer die fehlermeldung....
script:
die datenbankverbindung funktioniert einwandfrei, sowie das select statement, das abrufen der xml daten und speichern im file funktioniert auch, nur eben das parsen nicht, ich brauche von dem xml file nur den inhalt des id tags, sonst nichts....
xml file:
danke fuer die hilfe
Ich bekomme folgende Fehlermeldung beim parsen eines kleinen xml files mit XML::Simple
Code: (dl
)
no element found at line 1, column 0, byte 0 at /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.8.8/i686-linux/XML/Parser.pm line 187
nachdem ich jede menge gegoogelt habe, und alles gemacht habe, was die gesat haben, wie z.b expat parser installieren, und xml::dom, xml::generator updaten...bekomm ich noch immer die fehlermeldung....
script:
Code: (dl
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#!/usr/local/bin/perl -w
#use strict;
#use warnings;
use DBI;
use Net::MySQL;
use HTTP::Request::Common;
use LWP::UserAgent;
use CGI qw(header -no_debug);
use XML::Simple;
#==============================database connection================================================
#=============================end database connection==================================================
$mysql->query(qq{SELECT accession_code FROM protein});
my $record_set = $mysql->create_record_iterator;
while (my $record = $record_set->each) {
print "Accession ID: $record->[0] \n";
#For retrieving data from a url post in perl, we will use the LWP module "get" function
use LWP::Simple; #supports the "get" function
$baseurl="http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/";
$eutil="esearch.fcgi?";
$parameters="db=protein&term=$record->[0]&retmode=xml";
$url=$baseurl.$eutil.$parameters;
$raw=get($url);
open(FILE, ">$record->[0].xml");
print FILE $raw;
# create object
my $xml = new XML::Simple or die "new failed";
# read XML file
my $data = $xml->XMLin("$record->[0].xml") or die "parse failed";
# access XML data
print "$data->{Id} \n";
close FILE;
unlink("$record->[0].xml");
}
die datenbankverbindung funktioniert einwandfrei, sowie das select statement, das abrufen der xml daten und speichern im file funktioniert auch, nur eben das parsen nicht, ich brauche von dem xml file nur den inhalt des id tags, sonst nichts....
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Code: (dl
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<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE eSearchResult PUBLIC "-//NLM//DTD eSearchResult, 11 May 2002//EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/DTD/eSearch_020511.dtd">
<eSearchResult>
<Count>1</Count>
<RetMax>1</RetMax>
<RetStart>0</RetStart>
<IdList>
<Id>29427659</Id>
</IdList>
<TranslationSet>
</TranslationSet>
<TranslationStack>
<TermSet>
<Term>140U_DROME[All Fields]</Term>
<Field>All Fields</Field>
<Count>1</Count>
<Explode>Y</Explode>
</TermSet>
<OP>GROUP</OP>
</TranslationStack>
</eSearchResult>
danke fuer die hilfe