Nebenbei ist das, was Dein Programm macht nicht das, was diff macht.

Nach Deinem Code wären die Dateien mit dem Inhalt

und

gleich, denn Du matchst jede Zeile von file1 mit jeder Zeile von file2 (wobei es hier ein "eq" auch tun würde und viel schneller ist).

Dann solltest Du auch "/$var1/" statt "/var1" schreiben.

Darüber hinaus ist der Algorithmus von diff weitaus komplexer ;o)

Nur so als Tipp!

Gruß, Doc