use Tie::File;

my %zeilen_hash = (5 => 'Neue Zeile 5',
                      25 => 'Ich bin der neue Text für Zeile 25');

tie my @array,'Tie::File', $datei or die $!;
for my $key(keys(%zeilen_hash)){
  $array[$key-1] = $zeilen_hash{$key};
}
untie @array;