Ich versuche, bekannte Unix-Strukturen nachzubilden:
etc
bin
lib
htdocs
htdocs/js
htdocs/css
htdocs/images

In etc packe ich oft eine Include-Datei für httpd.conf. Locations und Aliases sind relativ definiert, so dass ein einfaches Include reicht, weitere Konfiguration ist nicht notwendig.

Manchmal installiere ich Perl-Module ganz normal, manchmal lasse ich sie in lib. CGI-Skripte schreibe ich nur selten.