Opened by Gast at 2006-03-17 00:11
hallo,
folgendes skript liest von der kommandozeile eine datei im fasta format ein und führt ein lokales blast durch. nun möchte ich dieses so abändern das anstatt einer datei ein string in der kommandozeile eingegeben werden kann. leider sind meine perl-kenntnisse nicht ausreichend um dies zu bewerkstelligen, würde mich über ein bischen hilfe freuen
mfg und danke im voraus tobias
folgendes skript liest von der kommandozeile eine datei im fasta format ein und führt ein lokales blast durch. nun möchte ich dieses so abändern das anstatt einer datei ein string in der kommandozeile eingegeben werden kann. leider sind meine perl-kenntnisse nicht ausreichend um dies zu bewerkstelligen, würde mich über ein bischen hilfe freuen
mfg und danke im voraus tobias
Code: (dl
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#!usr/bin!perl -w
#local blast search
#intecration of bio-perl-tools
use Bio::SeqIO;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
#read as-sequence via commandline
my($as) = $ARGV[0];
my $Seq_in = Bio::SeqIO->new (-file => $ARGV[0],
-format => 'fasta');
my $query = $Seq_in->next_seq();
my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(
'program' => 'blastp',
'database' => 'tobydb',
_READMETHOD => "Blast"
);
$factory->outfile('blast.out');
my $blast_report = $factory->blastall($query);
my $result = $blast_report->next_result;
while( my $hit = $result->next_hit()) {
print "\thit name: ", $hit->name(),
" significance: ", $hit->significance(), "\n";
}
exit;