ich würde eh besser berechnung vom output trennen dann wird vieles einfacher, und noch ein tip. den kopf würd ich so ausgeben:

print <<EOP;
Zugrunde liegende Aehnlichkeitsmatrix

| A C G T | -
A| 2 -1 -1 -1 |-1
C|-1 2 -1 -1 |-1
G|-1 -1 2 -1 |-1
T|-1 -1 -1 2 |-1
-|-1 -1 -1 -1 |-1
EOP

ausserdem kann man werte auch direkt tauschen:

($a,$b) = ($b, $a);

ich mach dir angebot i schreibe es mal um und ich kriege die 223 zeilen auf unter 80 im moment sind es 150\n\n

<!--EDIT|lichtkind|1141914851-->