Dein Ansatz ist schwerfällig, denn mit Interaktiven Programmen so umzugehen ist gar nicht leicht. Der Weg, den Du zu gehen hättest, wäre etwa mit dem Expect-Modul zu arbeiten.

Das sollte aber gar nicht erst notwendig werden, denn für viele gängige und auch viele weniger gängige Protokolle und typische Anwendungen gibt es CPAN-Module, für FTP etwa Net::FTP.