Jep, das ist das, was ich unter "aus einem PHP Skript heraus" verstehe.

Oftmals ist das mit den Pfaden gar nicht egal, weil die PATH Variable in deiner interaktiven Shell, in der du 'nessus' vielleicht von überall starten kannst, ganz anders gesetzt sein kann, als in dem PHP Skript, das dein Webserver ausführt, so dass du das Programm dort nicht mehr von überall aus starten kannst.

Aus Sicherheitsgründen werden Skripten in manchen Situationen zum Beispiel mit leerer PATH Variable gestartet, so dass man für jeden Programmaufruf und sei er auch so banal wie 'cat' einen vollen Pfad angeben muss.

Alternativ kannst du natürlich auch in deinem PHP Skript die PATH Umgebungsvariable auf einen "vernünftigen" Wert setzen.