Ein paar Allgemeine Tipps:

*) benutze use strict und use warnings
*) BlastOutput sieht mir sehr danach aus, dass BioPerl ganz interessant fuer Dich sein koennte

Lass Dir doch mal die Zeilen ausgeben, die Du vergleichen willst. Dann siehst Du vielleicht einen Fehler.

Kannst Du vielleicht mal ein paar Zeilen der Datei posten und zeigen, was dann am Ende rauskommen soll??