Hole dir die Anzahl der Zeilen aus jeder Datei und markiere es, aus welcher Datei sie kommen. Speicher das in ein Array, so dass Du dann vielleicht so etwas hast wie @array = qw(A1 A2 B1 B2 B3 C1 D1 D2);

Wobei das A fuer Datei A steht und die Zahl fuer die Zeilennummer. Dann kannst Du mit dem Array Deine Kombinationen machen und wenn Du die Zeilen brauchst, kannst Du das anhand des oben genannten Systems auslesen... (zum Beispiel mit Tie::File)