Danke für Eure Antworten.

Ich bin leider noch nicht weiter gekommen.

Also wenn ich mich richtig erinnere, ist die Net::FTP-Standard-Einstellung "auto" - das $ftp->ascii habe ich in meiner Verzeiflung hinzugefügt ;-), da ich dachte, das sei es vielleicht. Vorher trat es aber auch schon auf.

@coax: Weisst Du mehr über den Command Channel und was mir das i. Bez. a. mein Skript sagen kann? Die FTP-Verbindung zum Server ist i.d.R. sehr stabil, der Fehler tritt sowohl manchmal nach ca. 1 Minute, als auch manchmal nach 20 oder 30 Minuten auf.
Stutzig macht mich halt auch die andere Ausgabe "Unexpected EOF" - oder ist das nur das Resultat der warum-auch-immer abgerissenen Verbindung?