Ohoh, ich war zu flüchtig beim darüberschaun und habe etwas naheliegendes, aber nicht besonders hilfreiches geschrieben.

In Perl schlage ich vor, Du liest die erste Datei in ein Array @suchen ein, die zweite, in ein Array @daten. Dann suchst Du mit Regex oder grep im zweiten Array nach den Suchbegriffen aus dem ersten Array. Die schreibst Du in die dritte Datei.

Für die Dateien mußt Du lernen, mit open umzugehen. Steht alles in perldoc perlintro... zumindest genug davon, um schonmal loszulegen. Bei Schwierigkeiten damit, einfach hier fragen!