$text =~ s/<!\-\-te.+?st\-\->//gs;

my $text = do {
  open (DATEI, "<", $template) or
    die "Error: couldn't open '$template': $!\n";

  # die folgende zeile bewirkt, dass der komplette string in eine
  # zeile eingelesen wird; so sparst du dir das join
  local $/ = undef; 
  my $temp = <DATEI>; # alles in eine "zeile"
  close (DATEI);
  $temp; # wird aus do-Block herausgegeben => $text
};

# ersetzen
$text =~ s/<!\-\-te.+?st\-\->//gs;

# in datei schreiben
open(FILEOUT, ">", $fileout) or die "Kann '$fileout' nicht schreiben: $!\n";
print FILEOUT $text;
close(FILEOUT);