Beschreib mal genauer Dein Problem...

Ist Dein Problem, dass in $value ein = vorkommt, obwohl es nicht sein darf? dann mach doch einfach $value =~ s/=/ /g;

oder ist Dein Problem, dass Du glaubst, dass bei einem = in dem Wert nochmal gesplittet wird. Das ist aber
nicht der Fall, da Du ja bei split() explizit das LIMIT (siehe perldoc -f split) angibst...