Zu der Frage zu den Einrückungen empfehle ich Dir perldoc perlstyle zu lesen.
Mir sind Einrückungen sehr wichtig, "komisch" eingerückter Code wird von mir immer erstmal "normalisiert" (entweder von Hand bei kleinen Stücken oder mit perltidy), sonst kann ich meist gar nicht gut etwas dazu sagen.

Zu den Aufteilungen in Funktionen und Modulen kann ich mich meinen Vorrednern nur anschließen. Bei mir ist das meist ein fließender Prozess. Eine Funktion wächst und wächst und wenn sie eine kritische Grenze überschreitet oder wenn Teile einfach nach Auslagerung in Funktionen "schreien", dann lager ich sie aus.

Man muss eigentlich nur ein gutes Gefühl bei dem Code haben, den man geschrieben hat, wenn man sich denn ein solches Empfinden (richtig) antrainiert hat.