Die Pfade werden nicht relativ zu den Templates sondern relativ zur URL des CGIs betrachtet. Entweder du verwendest Pfade relativ zum DocRoot / (z.B: "/css/default.css") oder absolute Pfade. Du kannst auch deine CGIs in ein eigenes Verzeichnis unterhalb des DocRoots setzen und mit einer .htaccess-Datei festlegen das in diesem Verzeichnis CGIs verwendet werden können.