my @sec_dotplot;                            # Deklaration des Arrays(@) sec_dotplot

for (my $i=1; $i<=$seqlen; $i++) {
   for (my $j=1; $j<=$seqlen; $j++) {
       if($j < $i){
         $sec_dotplot[$i][$j] = '-';
         next;
       }
       my $nukl_i = substr($seq, $i-1, 1);
       my $nukl_j = substr($seq, $j-1, 1);
       my $res = defined $sec_dotplot[$i][$j-1] ? $sec_dotplot[$i][$j-1] : 0;
       if (basepair($nukl_i, $nukl_j)) {
           # basenpaar möglich dann 1 speichern
           $sec_dotplot[$i][$j]= $res + 1;
       }
       else {
           $sec_dotplot[$i][$j] = $res;
       }
   }
}
print "\n#########\nsec_dotplot\n##############\n";
print_matrix($seq, @sec_dotplot);