my @sec_dotplot;                            # Deklaration des Arrays(@) sec_dotplot

for (my $i=1; $i<=$seqlen; $i++) {
    for (my $j=1; $j<=$seqlen; $j++) {
        my $nukl_i = substr($seq, $i-1, 1);
        my $nukl_j = substr($seq, $j-1, 1);
        my $res = defined $sec_dotplot[$i][$j-1] ? $sec_dotplot[$i][$j-1] : 0;
        if (basepair($nukl_i, $nukl_j)) {
            # basenpaar möglich dann 1 speichern
            $sec_dotplot[$i][$j]= $res + 1;
        }
        else {
            $sec_dotplot[$i][$j] = $res;
        }
    }
}
print "\n#########\nsec_dotplot\n##############\n";
print_matrix($seq, @sec_dotplot);