In die Matrix soll eine 1 wenn eine Basenpaarung möglich ist und eine 0 wenn dies nicht möglich ist.

Mögliche Basenpaare sind "gc", "au", "gu", "at", "gt".

Die Sequenz sollte mit in die Kommandozeile eingegeben werden. So z.B.:
perl "Name".pl -s gacugacuggacugc.