Parameter an Subroutinen in Perl sind immer Call-by-Reference.
Siehe perlsub, Abschnitt BESCHREIBUNG, dritter Absatz:

Quote

Alle übergebenen Argumente befinden sich im Array @_ . Bei zwei Argumenten wären diese also in $_[0] und $_[1] gespeichert. @_ ist ein lokales Array, allerdings sind die Elemente Aliase für die originalen Parameter. D.h., wenn das Element $_[0] verändert wird, wird das entsprechende Original auch verändert (oder wenn es nicht veränderbar ist, tritt ein Fehler auf).

Wenn man das vermeiden moechte, muss man vor dem Bearbeiten oder beim Bearbeiten eine lokale Kopie der Daten anlegen:

Natuerlich muss man dabei beruecksichtigen, dass der Platz fuer das Array dann zweimal benoetigt wird.

Aehnlich funktioniert auch die for-Schleife, wie in deinem Beispiel:
Hier wird nicht nur die Variable $_ lokal geaendert, sondern gleichzeitig auch das korrespondierende Element in @array.