Ein Alignment (englisch: Abgleich, Anordnung, Ausrichtung) dient dem Vergleich mehrerer Strings (technischer Begriff für Zeichenfolge, Sequenz) und wird besonders häufig in der Bioinformatik verwendet, um die funktionelle oder evolutionäre Verwandtschaft (Homologie) von DNA- oder Proteinsequenzen zu untersuchen.
(http://de.wikipedia.org/wiki/Sequenzalignment)

In meinem Fall besteht der String aus 20 verschiedene Buchstaben, welche je für eine Aminosäure stehen z.B. MKLAACFLTLLPGFAVAASWTSPGFPAFSEQGTGTFVSHAQLPKGTR.
Ich habe diese Information in meiner ersten Frage absichtlich weg gelassen, da ich mir dachte, das es zu speziell sei. In einen Alignment werden mehrere dieser Sequenzen untereinander geschrieben und dann miteinander verglichen.