Es gibt sicherlich einige Probleme mit Tk und Threads. Man hat mir mal gesagt, dass es wohl einigermaßen gehen soll, wenn man die Threading-Geschichte vor der GUI macht...

Ansonsten könntest Du mal versuchen, ein anderes GUI-Framework wie wxPerl oder Gtk verwenden. Ich weiß allerdings nicht, wie da das Threading-Verhalten ist.