messageBox bei Windows ist der native Windows-Dialog, deshalb wird man in den *.pm-Dateien nichts finden. Du kannst evtl. mit den Methoden transient() und attributes(-toolwindow => 1) spielen (beide in Tk::Wm dokumentiert). Allerdings gehen, soweit ich weiß, beide Methoden davon aus, dass man ein "normales" Hauptfenster dazu hat.