Wurde mit dem Kernel-Update auch ein X-Update gemacht? Oder von Gtk oder Gnome? Dein strace-Log sieht nach X11-Kommunikation aus. Vielleicht hilft ein gdb-Backtrace eher?

PS: Bei tktimex gibt es auch ein Konsoletool ctimex. Aber ich habe auch schon vergessen, wie man das nutzt (-> Sicherheitskopie der .pj1-Datei ratsam!)